Na oddelení COS sa nachádza 12 operačných sál a sála sekčná, z toho v pavilóne chirurgických disciplín je 6 op. sál zameraných na cievnu chirurgiu, neurochirurgiu, chirurgiu, traumatológiu a ortopédiu. V gynekologicko-urologickom pavilóne je 6 op. sál zameraných na urológiu, otorinolaryngológiu a stomatochirurgiu, gynekológiu a plastickú chirurgiu.
Na centrálnej sterilizácii sa vykonáva dekontaminácia, sterilizácia materiálu pre operačné sály, ambulancie, oddelenia a kliniky FN Nitra a pre súkromné zdravotnícke firmy.
