- Ambulancia stomatochirurgie
- Ambulancie ftizeológie a pneumológie
- Centrálne operačné sály a centrálna sterilizácia
- Ekonomický úsek
- Gynekologicko – pôrodnícka klinika
- Chirurgická klinika
- Infekčná klinika
- Interná klinika
- Investičný úsek
- Kardiologická klinika
- Klinika FBLR
- Klinika anestéziológie a intenzívnej medicíny
- Klinika detí a dorastu
- Neonatologické oddelenie
- Klinika úrazovej chirurgie a ortopédie
- Kožné ambulancie
- Nemocničná lekáreň
- Neurochirurgická klinika
- Neurologická klinika
- Očná klinika
- Oddelenie cievnej chirurgie
- Oddelenie informačných technológií a systémov
- Oddelenie klinickej psychológie
- Oddelenie laboratórnej medicíny
- Oddelenie metodiky dát, DRG a štatistiky
- Oddelenie patológie
- Oddelenie plastickej chirurgie
- Oddelenie rádioterapie a klinickej onkológie
- Oddelenie urgentnej medicíny
- Oddelenie urológie
- Organizačný odbor
- ORL klinika
- Psychiatrická klinika
- Samostatný odbor krízového riadenia zdravotníctva kraja
- Úsek logistických a podporných činností
- Úsek nákupu, VO a právnych služieb
- Úsek námestníka pre ošetrovateľskú starostlivosť
- Úsek personálny, miezd a starostlivosti o zamestnancov
- Úsek poradcu riaditeľa pre zdravotnú starostlivosť
- Úsek riaditeľa
- Ústav klinickej mikrobiológie
- Útvar krízového riadenia a hospodárskej mobilizácie
- Verejná lekáreň FN Nitra
