- Centrálne operačné sály a centrálna sterilizácia
- Ekonomický odbor
- Etická komisia
- Gynekologicko – pôrodnícka klinika
- Chirurgická klinika
- Infekčná klinika
- Interná klinika
- Kardiologická klinika
- Klinika anesteziológie a intenzívnej medicíny
- Klinika fyziatrie, balneológie a liečebnej rehabilitácie
- Klinika detí a dorastu
- Klinika úrazovej chirurgie a ortopédie
- Kožné ambulancie
- Krčná, ušná a nosová klinika
- Lekáreň FN Nitra
- Lekáreň
- Lekárska knižnica
- Neonatologické oddelenie
- Neurochirurgická klinika
- Neurologická klinika
- Očná klinika
- Oddelenie informačných technológií a systémov
- Odbor krízového riadenia zdravotníctva pri FN Nitra
- Odbor personálny, miezd a starostlivosti o zamestnanca
- Odbor pre styk s poisťovňami a pacientom
- Oddelenie cievnej chirurgie
- Oddelenie metodiky dát, DRG a štatistiky
- Oddelenie klinickej mikrobiológie
- Oddelenie klinickej psychológie
- Oddelenie laboratórnej medicíny
- Oddelenie liečebnej výživy a stravovania
- Oddelenie patológie
- Oddelenie plastickej chirurgie
- Oddelenie rádioterapie a klinickej onkológie
- Oddelenie stomatochirurgie
- Oddelenie TaRCH
- Oddelenie urgentnej medicíny
- Oddelenie urológie
- Oddelenie verejného obstarávania
- Organizačný odbor
- Prevádzkovo – Technický odbor
- Psychiatrická klinika
- Referát civilnej ochrany objektu
- Referát sociálnej starostlivosti
- Registratúrny referát
- Riaditeľstvo FN
- Sklad MTZ
- Vrátnica
- Závodná organizácia – odbory
