Nemocničná lekáreň je organizačnou jednotkou FN Nitra na úrovni oddelenia. Poskytuje nemocničnú lekárenskú starostlivosť vlastnému zdravotníckemu zariadeniu (klinikám, oddeleniam, odborným ambulanciám a ústavom). Má tri oddelenia: oddelenie klinickej farmácie, oddelenie prípravy liekov a oddelenie zdravotníckych pomôcok. Poskytovanie lekárenskej starostlivosti zahŕňa zabezpečovanie a výdaj liekov, laboratórnych diagnostík, zdravotníckych pomôcok, ich odborné uchovávanie, individuálnu prípravu liekov, kontrolu liečiv a liekov, poskytovanie farmaceutických informácií a konzultácií o liekoch zdravotníckym pracovníkom.